O Conselho de Ministros do dia 11 de Janeiro de 2007 aprovou  o Quadro de Referência Estratégico Nacional 2007/2013, que assume como grande desígnio estratégico a qualificação dos portugueses, valorizando o conhecimento, a ciência, a tecnologia e a inovação, bem como a promoção de níveis elevados e sustentados de desenvolvimento económico e sócio-cultural e de qualificação territorial, num quadro de valorização da igualdade de oportunidades e, bem assim, do aumento da eficiência e qualidade das instituições públicas.

A prossecução deste grande desígnio estratégico, indispensável para assegurar a superação dos mais significativos constrangimentos à consolidação de uma dinâmica sustentada de sucesso no processo de desenvolvimento económico, social e territorial de Portugal, é assegurada pela concretização, com o apoio dos Fundos Estruturais e do Fundo de Coesão, por todos os Programas Operacionais, no período 2007-2013, de três grandes Agendas Temáticas:

1. Agenda para o Potencial Humano, que congrega o conjunto das intervenções visando a promoção das qualificações escolares e profissionais dos portugueses e a promoção do emprego e da inclusão social, bem como as condições para a valorização da igualdade de género e da cidadania plena.

A Agenda para o Potencial Humano integra as seguintes principais dimensões de intervenção:

Qualificação Inicial, Adaptabilidade e Aprendizagem ao Longo da Vida, Gestão e Aperfeiçoamento Profissional, Formação Avançada para a Competitividade, Apoio ao Empreendedorismo e à Transição para a Vida Activa, Cidadania, Inclusão e Desenvolvimento Social, Promoção da Igualdade de Género.

2. Agenda para os Factores de Competitividade, que abrange as intervenções que visam estimular a qualificação do tecido produtivo, por via da inovação, do desenvolvimento tecnológico e do estímulo do empreendedorismo, bem como da melhoria das diversas componentes da envolvente da actividade empresarial, com relevo para a redução dos custos públicos de contexto.

A Agenda para os Factores de Competitividade compreende, como principais vectores de intervenção, Estímulos à Produção do Conhecimento e Desenvolvimento Tecnológico, Incentivos à Inovação e Renovação do Modelo Empresarial e do Padrão de Especialização, Instrumentos de Engenharia Financeira para o Financiamento e Partilha de Risco na Inovação, Intervenções Integradas para a Redução dos Custos Públicos de Contexto, Acções Colectivas de Desenvolvimento Empresarial, Estímulos ao Desenvolvimento da Sociedade da Informação, Redes e Infra-estruturas de Apoio à Competitividade Regional e Acções Integradas de Valorização Económica dos Territórios menos Competitivos.

3. Agenda para a Valorização do Território que, visando dotar o país e as suas regiões e sub-regiões de melhores condições de atractividade para o investimento produtivo e de condições de vida para as populações, abrange as intervenções de natureza infra-estrutural e de dotação de equipamentos essenciais à qualificação dos territórios e ao reforço da coesão económica, social e territorial.

A Agenda para a Valorização do Território acolhe como principais domínios de intervenção: Reforço da Conectividade Internacional, das Acessibilidades e da Mobilidade, Protecção e Valorização do Ambiente, Política de Cidades e Redes, Infra-estruturas e Equipamentos para a Coesão Territorial e Social.

A concretização destas três Agendas Temáticas é operacionalizada, no respeito pelos princípios orientadores da concentração, da selectividade, da viabilidade económica e sustentabilidade financeira, da coesão e valorização territoriais e da gestão e monitorização estratégica, pelos seguintes Programas Operacionais:

 - Programas Operacionais Temáticos Potencial Humano, Factores de Competitividade e Valorização do Território, co-financiados respectivamente pelo Fundo Social Europeu, pelo Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional e pelo FEDER e Fundo de Coesão.

 - Programas Operacionais Regionais do Continente - Norte, Centro, Lisboa, Alentejo e Algarve - co-financiados pelo Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional.

 - Programas Operacionais das Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, co-financiados pelo Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional e pelo Fundo Social Europeu.

 - Programas Operacionais de Cooperação Territorial – Transfronteiriça (Portugal – Espanha e Bacia do Mediterrâneo), Transnacional (Espaço Atlântico, Sudoeste Europeu, Mediterrâneo e Madeira – Açores – Canárias), Inter-regional e de Redes de Cooperação Inter-regional, co-financiados pelo Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional e pelo Fundo Social Europeu.

 - Programas Operacionais de Assistência Técnica, co-financiados pelo Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional e pelo Fundo Social Europeu.

Em coerência com as prioridades estratégicas e operacionais, a execução do QREN e dos respectivos Programas Operacionais é viabilizada pela mobilização de significativos recursos comunitários – cerca de 21.5 mil milhões de Euros, cuja utilização respeitará três orientações principais:

 - Reforço das dotações destinadas à Qualificação dos Recursos Humanos, passando o FSE a representar cerca de 37% do conjunto dos Fundos Estruturais, aumentando em 10 pontos percentuais a sua posição relativa face ao QCA III – correspondentes a um montante superior a 6 mil milhões de Euros.

 - Reforço dos financiamentos dirigidos à Promoção do Crescimento Sustentado da Economia Portuguesa, que recebe uma dotação superior a 5 mil milhões de Euros, envolvendo o PO Temático Factores de Competitividade e os PO Regionais; as correspondentes intervenções, co-financiadas pelo FEDER, passam a representar cerca de 65% deste Fundo Estrutural (aumentando 11 pontos percentuais face a valores equivalentes no QCA III).

 - Reforço da relevância financeira dos Programas Operacionais Regionais do Continente, exclusivamente co-financiados pelo FEDER, que passam a representar 55% do total de FEDER a mobilizar no Continente (aumentando em 9 pontos percentuais a sua importância relativa face aos valores equivalentes no QCA III), assinalando-se que a dotação financeira dos PO Regionais das regiões Convergência do Continente (Norte, Centro e Alentejo) aumentará 7% face ao valor equivalente do QCA III.